网络研究院联合计算机系、电子系、高等研究院、软件学院、交叉信息学院等相关单位，牵头建设“网络空间安全”一级学科，重点围绕5个学科方向开展学科建设：网络空间安全基础、密码学及应用、系统安全、网络安全、应用安全。学科的建设目标是：以满足国家急需、加快人才培养为出发点，联合相关院系，组建结构合理、世界一流的师资队伍，培养一批国家急需的高质量博士和硕士研究生。

此外，网络研究院还参加“计算机科学与技术”和“信息与通信工程”两个一级学科的建设，重点开展下一代互联网研究。