清华大学于1978年在国内最早开始研究计算机网络，九十年代初建成我国第一个校园计算机网络－清华大学校园网。1994年成立清华大学信息网络工程研究中心（简称网络中心），建成我国第一个全国范围的互联网－中国教育和科研计算机网CERNET，也是CERNET网络中心的依托单位。1998年在国内率先开展下一代互联网研究。2003年联合国内25所高校参加国家发展改革委等八部委联合组织实施的中国下一代互联网示范工程CNGI，建成全球最大规模的纯IPv6下一代互联网试验网CNGI-CERNET2。多年来，网络中心联合计算机系、电子系等信息学院相关单位，组成清华信息科学与技术国家实验室下一代互联网研究部，建设和运行下一代互联网核心网国家工程实验室。

在此基础上，清华大学于2012年成立网络科学与网络空间研究院（简称网络研究院）。2016年，网络研究院开始牵头承担清华大学“网络空间安全”一级学科建设。